נילי פורטוגלי נולדה בחיפה ב-1948; דור שביעי למשפחה החיה בצפת מראשית המאה ה-19.
בוגרת בית הספר היוקרתי לאדריכלות ה- A.Aבלונדון (1973); לימודי תואר שני באדריכלות וביסודות הפילוסופיה הבודהיסטית באוניברסיטת ברקלי שבקליפורניה (1981) ולימודי קולנוע באוניברסיטת תל-אביב. הייתה שותפה לעבודה ולמחקר עם פרופסור כריסטופר אלכסנדר ב"מרכז למבנה סביבתי" שבברקלי קליפורניה. כיהנה כמרצה בכירה במחלקה לאדריכלות שבאקדמיה לאמנות ועיצוב בצלאל, ירושלים, ולימדה בפקולטה לאדריכלות ובינוי ערים בטכניון. עבודתה מתמקדת הן בצד התיאורטי והן בצד המעשי של האדריכלות ומשתייכת לזרם החשיבה ההוליסטי-חווייתי (Holistic-phenomenological school of thought).
פורטוגלי זכתה בפרסים בתחרויות שהשתתפה בהן; היא מוזמנת כמרצה אורחת לכינוסים בין-לאומיים ולאקדמיות מובילות בעולם, משתתפת בתערוכות; פרסמה מאמרים רבים בתחום האדריכלות, ועבודתה תועדה בכתבי עת מקצועיים, בעיתונות ובטלוויזיה.
ספרה הראשון שיצא לאורThe Act of Creation and the Spirit of a Place / A Holistic-Phenomenological Approach to Architecture, Axel Menges Stuttgart, London 2006 נבחר על ידי אגודת האדריכלים הבריטית (R.I.B.A) להיכלל ברשימת 24 הספרים הנבחרים באדריכלות לשנת 2007.
אדריכלית בעלת משרד עצמאי כבר יותר מ-38 שנים. משרדה עוסק במגוון רחב של פרויקטים בתחום האורבני, תכנון בניינים, תכנון נוף ותכנון פְּנים, אשר לתפיסתה הם מערכת המשכית אחת.
פורטוגלי השלימה לאחרונה כתיבת תסריט לסרט באורך מלא "ואת הסמטא היא סיידה בתכלת" שאותו היא עתידה לביים ולעצב אותו אמנותית.