לפי הקריאה המסורתית "מורה נבוכים" של הרמב"ם הוא ניסיון ליצור הרמוניה בין השכל האנושי לבין התגלות אלוהית, ובין הפילוסופיה והדת. גישה פרשנית שונה, חדשה יותר, טוענת שלא ניתן ליישב את הסתירה בין הפילוסופיה לדת, ומכאן מגיעה למסקנה ש"מורה נבוכים" מייעד את הדת להמונים ואת הפילוסופיה למיעוט נבחר. יוסף שטרן לוקח צעד נוסף מעבר לוויכוחים המוכרים האלה וטוען שהמבוכה בכותרת היצירה הזאת, הידועה בחידתיות שלה, לא נובעת מהעימות שבין אתונה לירושלים, אלא מן המתח בין החומר האנושי לבין צורת האדם, בין הגוף לבין השכל.
המסורת הפילוסופית של הרמב"ם מאמינה שהחיים המושלמים הם אינטלקטואליים: ההתבוננות הטהורה והמלאה בכל האמיתות שיש, מפיזיקה וקוסמולוגיה עד מטפיזיקה ואלוהים. לפי "מורה נבוכים," האידיאל הזה איננו בר השגה עבור האדם. השכל המגולם בגוף אינו יכול לתפוס את הידיעה המדעית של המטפיזיקה, והדחפים הגופניים שלו מונעים את ההתבוננות הבלעדית. על ידי בחינה מדוקדקת של הטיעונים ב"מורה נבוכים" ובשימוש המקורי במשל כמדיום לכתיבה פילוסופית, מגלה שטרן את עמדתו הספקנית של הרמב"ם כלפי היכולת האנושית לידיעת המטפיזיקה ואת הפרשנות החדשנית שלו למשלים במקרא ובספרות חז"ל. שטרן מראה איך הרמב"ם יוצר אוסף תרגילים רוחניים כדי להתמודד עם הצרכים הנוגדים של הגוף והשכל, תוך כדי תפיסה מחודשת של מצוות התורה כאימון לחיי השכל המגולם בגוף. על ידי התמקדות במושגים הפילוסופיים של חומר וצורה והמשחק בין הצורה הספרותית של "מורה נבוכים" לבין נושאי התוכן שלו, מצליח שטרן לפתח פרשנות אחידה וחדשנית לספר.
פרופ' יוסף שטרן הוא פרופסור של פילוסופיה בקתדרה ע״ש ו.ה. קולבין (אמריטוס)באונ 'שיקגו, ושם יסד את המרכז ללימודי יהדות. תחומי המחקר העיקריים שלו הם פילוסופיה בת־זמננו של לשון ופילוסופיה ימי־ביניימית, בייחוד הפילוסופיה היהודית בת הזמן על רקע האסלאם.
שטרן פרסם יותר מששים מאמרים וארבעה ספרים, וזכה במלגות רבות, בהם מטעם הקרן האמריקנית הלאומית למדעי הרוח וקרן ליידי דיוויס. כעת הוא עמית בכיר במרכז מיימונידיס מחקר מתקדם באונ' המבורג, עמית באקדמיה האמריקנית למחקרי היהדות, ועמית-ספרייה במכון ון ליר בירושלים. המהדורה האנגלית של ספרו "תוכן וצורה ב'מורה נבוכים' לרמב"ם" ) (2013הוכתרה כספר הטוב ביותר לשנת 2013בתחום ההיסטוריה של הפילוסופיה מטעם ƒe Journal of the History of Philosophy